本校初為民國二十二年(昭和八年、西元 1933 年)四月一日設立之「花蓮港廳花蓮港公學校舊新港分教場」。民國二十八年(昭和十四年、西元 1939 年)四月一日獨立設校，名為「花蓮港廳昭和公學校」。民國三十年(昭和十六年、西元 1941 年)改稱「花蓮港廳花蓮港市昭和國民學校」。

　　台灣光復後，於民國三十五年(西元 1946 年)一月二十五日更名為「花蓮縣花蓮市明義國民學校」。因學區人口眾多，逐漸形成東台灣規模最大之一所小學。民國五十七年(西元 1968 年)八月政府實施九年國民教育復更名為「花蓮縣花蓮市明義國民小學」。

　　歷任校長牧內憲五郎先生(1939~1945)、陳先德先生(1945~1948)、鍾桂枝先生(1948~1949)、王德型先生(1949~1954)、吳國豪先生(1954~1957)、吳水雲先生(1957~1966)、葛維智先生(1966~1974)、陳天壽先生(1974~1984)、林天生先生(1984~1994)、廖高仁先生(1994~1999)、林繼盛先生(1999~2007)、曾振順先生(2007~2015)、吳惠貞女士(2015~2023)，現任校長許傳德先生於民國 112 年(西元 2023 年)八月到職至今。